دانشکده پزشكی فسا در سال 1356 در زمینی به مساحت 750000 متر مربع و زیربنای16110 مترمربع، باهدف مجتمع پزشک روستایی و با پذیرش 14 نفر دانشجوی پزشكی زیر نظر دانشگاه شیراز آغاز به کار نمود.

این دانشکده از نظر مالی و اداری پیرو موافقت شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی درسال 1373 از دانشگاه علوم پزشکی شیراز مستقل گردید و مستقیما زیر نظر وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی فعالیت های خود را ادامه داد.

برای اولین بار ترم ششم علوم پایه و فیزیوپاتولوژی در سال1376 در دانشکده پزشکی فسا اجرا گردید.

فاز اول ساختمان جدید دانشکده در سال 1389 و فاز دوم آن در سال 1391 به بهره برداری رسید.